Az autoimmun betegségben szenvedő betegek immunrendszere idegennek ismeri fel a szervezet különböző sejtjeit és szöveteit, védekezőleg lép fel ellenük, és megpróbálja elpusztítani azokat. Ez a védekező reakció szövetpusztuláshoz vezethet, a tünetek és a károsodás súlyossága egyenesen arányos az autoimmun reakció intenzitásával

Az immunrendszerünk feladata, hogy megvédje a szervezetünket a káros anyagoktól, más néven antigénektől. Antigéneket tartalmaznak a különböző kórokozók, a baktériumok, vírusok, toxinok, tumorsejtek. Annak érdekében, hogy szervezetünk az idegen anyagokat elpusztítsa (vagy legalábbis semlegesítse), az immunrendszerünk révén antitesteket termel. A keletkezett antitestek összekapcsolódnak az antigénekkel, és egy olyan gyulladásos folyamatot indítanak be, melynek hatására a kórokozók elpusztulnak és lebomlanak.

Máig nem ismert, hogy mi okozza az immunrendszer felismerési zavarát. Egyes feltételezések szerint a túl „steril” környezetben, a fertőző betegségektől védőoltásokkal megóvott gyerekek immunrendszere nem edződik meg a kórokozókon, és egy olyan irányba fejlődik, melyben hajlamosabbá válik az allergiás vagy autoimmun betegségek kialakítására. Mások úgy vélik, hogy a kóros folyamatokat bizonyos baktériumok, illetve vírusok vagy gyógyszerek indíthatják be azoknál, akik erre genetikailag hajlamosak. A baktériumok, vírusok vagy gyógyszerek ellen termelődő ellenanyagok részben/vagy teljesen reagálhatnak a szervezet különböző antigénjeivel és megpróbálják hatástalanítani azokat. Az immunválasz következményként kialakult szövetpusztulás során keletkező további antigének és gyulladás pedig állandósítja az ördögi kört.

Az autoimmun betegség egy gyűjtőfogalom, amely több betegséget foglal magába. Jelenleg több mint 80 különböző autoimmun betegséget ismerünk. A szervezet ellen termelődött ellenanyagok megtámadhatják az ereket, a kötőszövetet, a hormontermelő mirigyeket, az ízületeket, az izmokat vagy akár a bőrt is.

A tüneteket a termelődő ellenanyagok típusa határozza meg. Minél specifikusabb egy ellenanyag, annál jobban körülírható tüneteket okoz az autoimmun betegség. Például az izmokat megtámadó, az izmok elleni ellenanyagokkal jellemezhető polymiositis nevű betegségben az izomtünetek dominálnak, ezzel szemben a lupus erythemathosusnak, vagy a köznyelvben csak lupusznak nevezett betegségben a minden sejtben jelen lévő antigének ellen termelődő ellenanyagok felelnek a változatos tünetekért. A klasszikus autoimmun betegségeken kívül számos egyéb, korábban ismert betegség - például a sclerosis multiplex, az 1-es típusú cukorbetegség, gyulladásos bélbetegségek - hátterében azonosítottak autoimmun folyamatot.

Mivel az autoimmun betegségek alapja gyulladásos folyamat, minden hosszantartó gyengeség, láz, hőemelkedés vagy általános rossz közérzet esetén érdemes orvoshoz fordulni, aki szükség esetén elvégzi a labor- és egyéb vizsgálatokat.